拡張子が異なるデータを使用することは、学習しないといけない情報量が増える観点からオススメできないです。
jpg(非可逆圧縮)とpng(可逆圧縮)が混在してしまうと、圧縮ノイズが乗った画像とノイズが乗ってない画像が混ざった状態になってしまいます。
つまり、これはノイズであるから無視しないといけないという情報も含め学習する必要が出てくるため、学習しないといけない情報量が増えてしまいます。
逆に言えば、拡張子が異なっていても
可逆圧縮であれば混ざっても問題はありません。
jpegなどの非可逆圧縮は、ノイズが乗ってしまうリスクと元の情報が消えてしまうリスクがあるため学習に使うのは避けるようにすることを推奨します。