ご質問ありがとうございます。
少しややこしいので1つずつお答えさせてください。
まず、ランタイム評価画面で設定できるスコアと面積の閾値は「検査設定」と呼ばれるものでして、
検査に影響します。
一度ご質問頂いて恐縮ですが、 検査設定と解析結果の関係のようになります。
「検査設定」は子タスクには引き継がれず、自身のタスクの検査にしか影響しません。
次に親の検出結果からマスクを生成する際には、親タスクの「処理設定」の中にある「解析設定」の「閾値」を参照しています。
以下のように結果が変わります。
閾値0.5の親
閾値0.5の子のマスク
閾値0.99の親
閾値0.99の子のマスク
また、既に設定した親タスクの解析設定の閾値を変更したくない場合はスコアマップ加工タスクを間に挟むことで色々出来ます。
閾値0.5の親をもつスコアマップ加工(閾値0.99で二値化)
このタスクの下に繋いでマスク設定を行えば、閾値0.99の親を持った時と同等のマスクが得られます。
親が複数の子タスクを持ち、それぞれ閾値を変更してマスクを作りたい時などに使えると思います。